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Der Verein entstand 1995 aus der Handball-Abteilung des Polizei-Sportvereins Wilhelmshaven. Seit der Saison 1999/2000 bestreitet der Verein seine Spiele unter der jetzigen Bezeichnung Wilhelmshavener HV. 2002 stieg der WHV nach gewonnener Relegation gegen die SG Solingen in die Handball-Bundesliga auf. Am Ende der Saison 2005/2006 belegte das Team nach 34 Spieltagen den 16. Tabellenplatz, so dass zwei Relegationsspiele gegen den TSV Bayer Dormagen den Verbleib in der höchsten Spielklasse sichern mussten. Die Saison 2006/2007 wurde mit einem sehr respektablen 11. Platz abgeschlossen.

Zu den Höhepunkten der Spielzeit zählte ein 34:32-Heimsieg gegen die SG Flensburg-Handewitt am 16. Mai 2007. Die Saison 2007/2008 erbrachte insgesamt nur vier Siege. Daran konnte auch der zum 18. Januar 2008 verpflichtete Trainer Klaus-Dieter Petersen nichts ändern, sodass mit dem 18. Platz nach sechs Jahren in der 1. Liga der Abstieg in die 2. Liga Nord folgte. Vor der Saison 2009/2010 wurde die Mannschaft stark verjüngt: Durchschnittsalter zu Saisonbeginn 22,6 Jahre. Der Pokalwettbewerb fand schon mit dem ersten Spieltag ein Ende: 30:32 gegen SV Anhalt Bernburg. Die Bundesligasaison begann mit sieben Niederlagen in Folge und endete schließlich mit nur neun Siegen (aus 32 Spielen) auf Platz 14. So trennte sich der Verein zum Ende der Saison einvernehmlich von Trainer Petersen; neuer Trainer wurde der bisherige Assistenztrainer Andrzey Staszewski.

Im Februar 2011 teilte der Verein mit, dass man aus finanziellen Gründen „den bereits laufenden Lizenzantrag für die neue eingleisige zweite Bundesliga nicht weiter verfolgen“ wird. Obwohl die Saison 2011/2012 in der 3. Liga West mit drei Siegen begonnen hatte, teilte der Verein am 18. September 2011 überraschend mit, dass „der Trainer Staszewski aus persönlichen Gründen um die Auflösung des Vertragsverhältnisses gebeten“ habe. Christian Köhrmann führte die Mannschaft dann bis zum Ende der Saison als Spielertrainer weiter. In dieser Funktion trainierte er die Mannschaft auch in der Saison 2012/13 und 2013/14, wobei er sich immer mehr auf die Trainerfunktion von der Bank aus konzentrieren konnte. In der Saison 2014/15 gelang dem Wilhelmshavener HV ungeschlagen die Wiederaufstieg in die 2.Bundesliga. Ziel in der Saison 2015/2016 ist der Klassenerhalt. Seine Heimspiele bestreitet der WHV in der Nordfrost-Arena, die bei 2.200 Sitzplätzen insgesamt 2.431 Zuschauer fasst.